Кефір - спочатку розглядався як національний продукт народів Північного Кавказу.
Як продукт він досить добре вивчений, проте природа виникнення грибів кефіру досі не з'ясована.
Кефір було відкрито науковим світом порівняно недавно. Він був виявлений у солочних бурдюках карачаївців, які пасли свої стада на околицях м. Кисловодськ. Про це в 1867 році доктор Джогін зробив невелике повідомлення в Кавказькому медичному товаристві. Відкриття доктора Джогіна зацікавило спочатку наукові кола Росії, а потім і Європи.
Приготування кефіру у карачаївців проводилося наступним чином: у шкіряний бурдюк наливалося парне молоко (кращим вважалося козяче або овече) і як закваска бралася жменя кефірних грибків у вигляді грудочок. Після цього бурдюк ретельно збовтувався і потім поміщався у прохолодне місце або накривався кошмами.
Для кефірних грибків свіже молоко служить живильним середовищем, тому вони починають «пити і розмножуватися», а за кілька годин кефір вважається готовим до вживання. По мірі того, як кефір зливали з бурдюку для вживання, його знову доповнювали свіжим молоком. Але через добу, кефір піддавався сильному бродінню, тому його виливали з бурдюка в дерев'яну кадушку, а грудки кефіру промивали водою, потім сушили для подальшої закваски. Комочки кефіру, звані «урлук» (насіння), мають еліптичну або кулясту форму, а їх величина коливається між 2-5 мм.
Для приготування кефіру дуже важливу роль відіграє температура, оптимальною вважається 22-25 С. У багатьох сім'ях є запас грибків. Але у разі виснаження запасу, дістати їх було нелегко, оскільки у приготуванні кефіру у горців було табу. що забороняє уступку кефірного насіння іншому господареві. Тому сусіди ховали грибки один від одного і не розповідали про свої секрети приготування. Кефірне виробництво в Москві почалося аж 1908 року, після того, як вдалося викрасти 10 фунтів насіння кефіру і привести їх до Росії.
В даний час можна вважати досить добре вивченими питання мікробного складу грибків, їхній хімічний склад, особливості культивування, а також особливості виробництва з використанням виробничої закваски. З'явилися дані про застосування кефірних грибків у медицині, у харчовій промисловості – для отримання нових видів заквасок та виробництва на їх основі напоїв дієтичного та профілактичного харчування.